技术方法：
在杂合子个体中，分别来自父亲与母亲的等位基因，它们在同一细胞中，处于相同的外部环境中，在没有顺式作用多态性（或特定基因表观遗传修饰）的情况下，他们的表达量应该是一样的。与此相反，个体的顺式作用多态性会影响基因的表达及mRNA的加工，导致等位基因有不同的mRNA表达量水平，即AEI(等位基因表达不平衡)。它可以作为一个综合所有顺式作用因子的定量测量。另外，当目的SNP位点位于转录区时，可以直接在总RNA反转录cDNA中观察到SNP 不同等位基因的特异性表达差异，也就是用这个SNP作为Marker对两条不同allele分别进行表达定量。从而观察在同一杂合子个体中两种不同的等位基因型是否对表达水平造成了影响，也就是说排除了个体差异和环境影响之后是否存在由该位点不同基因型所造成的表达差异。该实验需要此SNP位点分型为杂合子的个体的基因组DNA和目的组织细胞抽提得到的总RNA（或者已经反转录好的cDNA）。实验中我们将用基因组DNA的两条allele作为1:1的校正内参，观察目的组织细胞中的RNA中两条allele的比例是否偏离1:1，最终判断是否存在AEI现象，进一步确定该位点与表达水平的关系。

应用领域：
此方法适用于疾病基因组学、肿瘤基因组学和药物基因组学中的突变功能鉴定工作。