——外显子组测序鉴定范可尼贫血症患儿分子缺陷

 

        上海儿童医学中心检验科傅启华教授团队与天昊生物合作，利用全外显子组测序技术成功的鉴定出一例范可尼贫血症儿童的分子缺陷，文章发表于gene杂志。天昊生物为此项研究提供了外显子组测序及后续生物信息分析的工作，天昊生物生物信息部经理李才华作为文章的作者之一分享了这一研究成果。

      范可尼贫血（Fanconi anemia）是一种罕见的常染色体隐性遗传性血液系统疾病，以幼年发生的进行性骨髓衰竭和多发性的先天畸形为本病的两大重要特征。该病让细胞不能修复DNA损伤，因为修复能力的缺乏，范可尼贫血症患者是很多癌症的高危人群，尤其是白血病以及头部和颈部癌症。
      研究表明，范可尼贫血根据致病机理至少可以分为15个基因亚型，最经典的诊断方法通常是通过交联剂（ICLs）或者丝裂霉素C（MMC）诱导的染色体断裂试验来评估病人的细胞敏感性。对于范可尼贫血症患者来说进一步确诊其相应的分子缺陷是个很大的挑战。传统的突变分析受到各种因素制约而难以开展，如果通过互补分析法获得候选基因再结合桑格尔测序或多重连接探针扩增技术也可以确定突变。但是互补分析也受到各种条件制约，所以如果跳过互补分析，直接进行高通量测序，是个很好的选择，也是目前临床医学越来越普遍的方法。

      在本研究中，傅启华教授团队通过临床特征结合各项理化指标及体外实验，确诊为FA，未进行互补分析，直接外显子组测序，发现了4个杂合突变位点。值得注意的是有两个杂合位点均位于FANCA 基因。桑格尔测序验证了这两个突变分别来自患儿的父母。并且其中一个突变位点是未报道过的位点c.989_995del。在接下来的交联剂（ICLs）诱导的染色体断裂实验中，证明了该位点的存在增加了基因组的不稳定性，该位点的致病性得到了进一步的验证。当然如果这个位点在其他的病人中得到进一步的验证，会成为该位点致病性的更有力证据。
      在外显子组测序过程中，天昊生物借助多名长期从事于基因及遗传分析领域的专家对测序结果进行了专业细致的分析，协助傅启华教授团队得到了可喜的科研成果。希望我们精湛的技术、丰富的专业知识与真挚的态度能协助更多科研工作者在攀登科学高峰的荆棘路上攻克技术难题，突破科研瓶颈，取得丰硕的科研成果。
 
文章信息
Zhaojing Zheng, Juan Geng, Ru-en Yao, Caihua Li, Daming Ying, Yongnian Shen, Lei Ying, Yongguo Yu, Qihua Fu. Molecular defects identified by whole exome sequencing in a child with Fanconi anemia.  Gene. 530 (2013) 295–300